Mit dem dritten Teil der "Pikmin"-Serie, führt Nintendo erstmals den Ko-op-Modus für die Spieler ein. Das Unternehmen hat unter anderem bekannt gegeben, wie sich Wii-U-Besitzer in diesem Verhalten sollen und können, um mit anderen Dadddlern das Ziel zu erreichen.
Wie Nintendo angibt, handelt es sich bei dem Ko-op-Modus von "Pikmin 3" um eine etwas andere, daher veränderte Version des Challenge-Modus aus "Pikmin 2". Spieler müssen hier zusammenarbeiten, um so viele "Pikmins" wie möglich vor dem sicheren Tot zu bewahren. Die Spieler selbst haben zur gleichen Zeit die Möglichkeit, die Kontrolle von einem der drei Captains - Alph, Charlie und Brittany - zu übernehmen. Jedoch kann jeder Spieler nur eine Figur kontrollieren, die nicht durch den anderen Spieler gesteuert wird.