Man kann in "Botanicula" mit fast allem in jeder Szene interagieren. Dabei ist nicht immer jede Aktion notwendig, um die Rätsel zu lösen, aber oft ergeben sich kleine Geschichten, welche die Bewohner des Baums ausspielen, wenn man mehrmals mit ihnen interagiert. Man lernt schnell, jedes Objekt so oft anzuklicken, bis man alle Variationen gesehen hat. Im späteren Verlauf des Spiels verstecken sich in diesen, oft zuerst sinnlos erscheinenden, Szenen dann aber doch manchmal Quest-Gegenstände. So ist man meistens nur damit beschäftigt, den Bildschirm nach jedem möglichen Punkt zu durchsuchen, an dem sich etwas bewegt.
Die Grafik ist fantastisch, im wahrsten Sinne des Wortes, nämlich unheimlich fantasiereich. Die verschiedenen Abschnitte der Welt haben ihre eigene Atmosphäre, passen aber sehr gut zusammen. Bewohner und Pflanzen des Baums sind oft angelehnt an bestehende Objekte, Tiere und Insekten aus der Natur. Dennoch findet man kaum naturgetreu abgebildete Bewohner eines Baumes, sondern diese sind immer auf eine abgedrehte Weise interpretiert worden. So muss man im ersten Rätsel zum Beispiel Federn für eine riesige, fliegende Art Raupe sammeln. Später begegnen einem unter anderem singende Käfertrompeten, einäugige Taucherglockenquallen und Trampolinkrabbler. Die Hintergründe, vor dem das abgedrehte Geschehen dann stattfindet, sind gezeichnet, während grosse Teile der Welt wie Papierkollagen wirken.
Der Sound ist besonders hervorzuheben, vor allem die Soundeffekte, welche alle durch Stimmen generiert sind. So hört man jemanden „Crash“, „Boing“ oder „Rumpelrumpel“ sagen, sobald etwas auf dem Bildschirm passiert. Am Anfang gewöhnungsbedürftig, passt es doch schnell herrlich zu der teilweise zusammmengebastelt wirkenden Optik.