In "Atelier Sophie 2" begleitet ihr Sophie Neuenmuller auf ihrer Suche nach ihrer Freundin Plachta in der geheimnisvollen Traumwelt Erde Wiege. Mit neuen Freunden an ihrer Seite macht ihr euch auf den Weg, doch anstatt Plachta zu finden, entdecken ihr einen Riss im Weltraum, der seuch zu einem geheimnisvollen und offenbar menschenleerem Ort führt.
Gerade als die beiden beschliessen, die Suche aufzugeben und in die Stadt zurückzukehren, hört Sophie eine vertraute Stimme. Aber bevor sie Zeit hat, dieser nachzugehen, taucht plötzlich ein Wasserdrache auf und greift die Gruppe an. Glücklicherweise werden sie dank der Ankunft des aufstrebenden Alchemisten Ramizel und eines ehemaligen Ritters namens Diebold in letzter Sekunde gerettet.
Bei der weiteren Erkundung dieses geheimnisvollen neuen Landes stossen sie auf den Aufenthaltsort von Elvira, der Göttin, die Erde Wiege geschaffen hat. Hier ist Sophie endlich wieder mit Plachta vereint, aber ihre Freundin scheint leblos zu sein. Kennt Elvira das Geheimnis hinter Plachtas bewusstlosem Zustand?
Während der vielen Abenteuer in "Atelier Sophie 2: The Alchemist of the Mysterious Dream" werden ihr auf Hindernisse in der Umgebung stossen, wie z. B. reissende Flüsse. Jedes Gebiet von Erde Wiege hat ein bestimmtes Wetter, aber dank der Entdeckung der Dreamscape Stones, die in der Welt verstreut sind, können Sophie und ihre Freunde das Wetter ändern, um auf ihrer Reise voranzukommen. Die Verwendung eines Dreamscape Stones zur Veränderung des Wetters kann die Umgebung drastisch verändern. z. B. den Wasserspiegel eines einst überfluteten Ortes senken und neue Sammelstellen mit einer Fülle einzigartiger Materialien freilegen.
Bei der Erkundung dieser neuen Orte kann man auch Major Gathering Spots entdecken – hier warten bessere Materialien als an den traditionellen Sammelplätzen auf Entdeckung. Wenn man Major Gathering Spots das richtige Sammelwerkzeug ausgerüstet hat, startet ein Minispiel und die Qualität und Anzahl der gesammelten Materialien erhöht sich je nach Ergebnis. Zu diesen Minispielen gehören ein Angel-Spiel bei dem eine bestimmte Anzahl von Fischen gefangen werden muss und ein Steinschleuder-Spiel, bei dem die Spieler innerhalb eines Zeitlimits verschiedene Ziele treffen müssen. Das Meistern dieser Minispiele hilft dabei, seltenere Materialien zu erhalten, die für die Synthese äusserst nützlich sind!