Der Gegenschlag
Es wird ein Rat in Vekta City einberufen, um über die beste Vorgehensweise zu entscheiden. Nach wenigen Stunden steht der Entscheid – die UCA (gehören zur UCN) fliegen nach Helghan, um die grösste Militäraktion in der Geschichte der Menschheit durchzuführen. Sie wollen die Truppen der Helghast auslöschen und den Frieden im Universum sichern. Doch leider wissen die Helghast, wie sie sich zu wehren haben. Ein wutentbrannter Krieg entfacht und die Menschen haben grosse Mühe, sich den Helghast zu behaupten. Der anfängliche Plan, die Helghast einfach nur zu isolieren ist gescheitert. Die Invasion war insgeheim schon beschlossen, als sich die Menschen auf den Weg nach Helghan gemacht haben. 
Um den Frieden sichern zu können, hofft die Regierung Scolar Visari gefangen nehmen zu können. Wenn der Anführer in Gewahrsam wäre, würden die Helghast ihre kriegerischen Tätigkeiten vielleicht einstellen. Und so macht sich eine Truppe von Spezialeinheiten auf den Weg zum Palast von Pyrrhus, der Hauptstadt von Helghan.
Letztendlich hat die Elite-Truppe es geschafft – sie stehen vor Visari und wollen ihn gefangen nehmen. Nachdem dieser aber etliche Hetzreden von sich gelassen hat, erschiessen die Truppen ihn. In seinen letzten Atemzügen gibt Visari zu verstehen, dass das erst der Anfang ist.
An diesem Punkt beginnt die Geschichte von „Killzone 3“. Visari ist tot, die Helghast kämpfen allerdings noch immer – der Frieden konnte mit seinem Tod nicht gesichert werden. Jetzt muss die menschliche Regierung sich einen Plan überlegen, wie sie die Helghast ausschalten können und das Überleben der Menschen sichern können.
Hinweis: "Killzone: Mercenary" spielt nach den Ereignissen von "Killzone 1" und überlappt sich mit dem Nachfolgetiteln