Schon der Einstieg von „Mafia 3“ zeigt ziemlich genau, wo Entwickler Hangar 13 im Spielverlauf seine Schwerpunkte setzt. Alles beginnt mit einem perfekt durchgeplanten Banküberfall. Protagonist Lincoln Clay – seines Zeichens gerade aus dem Krieg zurückgekehrter Vietnam-Veteran – und sein zwielichtiger Kollege von der Italiener-Mafia stehlen einen Geldtransporter, verkleiden sich als Sicherheitsbeamte und tuckern zum Hauptquartier einer Bank. Dort angekommen ahnt zunächst niemand etwas – schliesslich sollen die beiden ja eigentlich nur von der Polizei konfisziertes Falschgeld verbrennen und sich dann wieder auf die Socken machen. In Wirklichkeit haben sie jedoch ein ganz anderes Ziel: den millionenschweren Tresorraum.
Was im Folgenden passiert, wollen wir lediglich in Ansätzen verraten. Nur soviel: Die Profi-Panzerknacker kommen mit einem blauen Auge davon und treffen sich einige Tage später wieder im Hauptquartier des Schwarzen Mobs, um die Beute unter verschiedenen Mitwirkenden aufzuteilen. Einer von ihnen ist Sal Marcano, der einflussreichste Mafiaboss in der fiktiven Spielwelt von New Bordeaux. Doch kaum miteinander angestossen, zeigen der Pate und seine Schergen ihr wahres Gesicht. Hinterhältig zücken sie ihre Waffen, nur um Lincoln und seine Leute wenige Sekunden später kaltblütig niederzustrecken. Schüsse fallen, Knochen splittern, Messer durchbohren Fleisch – es ist ein grausames Massaker, das die Macher in aufwühlenden Bildern arrangieren. Einziger Überlebender des anwesenden Schwarzen Mobs: Lincoln selbst.
Wie durch ein Wunder streift die Kugel lediglich die Seitenwand seines Kopfes. Hinzu kommt, dass sein enger Freund, Pater James, bereits kurze Zeit später auftaucht, ihn gerade noch rechtzeitig aus den Flammen des brennenden Gebäudes zerrt und dann über Wochen und Monate hinweg wieder gesund pflegt...