"Sea of Stars" folgt der Geschichte zweier Kinder der Sonnenwende. Ihr begleitet die Jugendlichen Valere und Zale, während sie sich ihrer Vorsehung stellen, Solstice Warriors zu werden.
Durch die Vereinigung ihrer Sonnen- und Mondkräfte, um mächtige Finsternismagie zu wirken, beherrscht dieses Duo die einzige Kraft, die in der Lage ist, die monströsen Kreationen des als The Fleshmancer bekannten, bösen Alchemisten zu bekämpfen.
Untermalt wird das Spiel von einem Soundtrack mit Originalwerken des Komponisten Yasunori Mitsuda (Chrono Trigger), der das Team um Sabotage Studios Komponisten Eric W. Brown unterstützt.