Back to the Gegenwart?
Wie könnte es anders sein, beginnt unsere - oder besser Slys - Geschichte in der Gegenwart. Allerdings scheint in unserer Zeit irgendetwas nicht ganz richtig abzulaufen. So verschwinden die Inhalte aus Slys „Buch der Meisterdiebe“ aus einem mysteriösen Grund vor den Augen unseres Protagonisten. Nein, Sly benutzt nicht Sonys Wonderbook, ansonsten wär das „Problem“ wohl relativ einfach zu lösen. Schnell ist unseren Freunden klar, dass eine Reise in die Vergangenheit zu Slys Vorfahren nötig wird, um die verlorenen Inhalte zurückzuholen oder besser gesagt, die Vergangenheit zu korrigieren. Ganz im Stile von „Back to the Future“ rasen unsere Freunde also durch die Zeit – rauchende Reifen und Brandspuren auf dem Asphalt inklusive.
In den fünf verschiedenen Zeitaltern besuchen unsere Freunde Sly, Bently die Schildkröte und Murray das Nilpferd Slys Vorfahren. Dabei merken sie schnell, dass die Altvordern ein Teil des Problems sind. Die Zeitlinien wurden manipuliert und die Verwandten des Waschbären wurden in diversen Fallen gefangen und ihren ursprünglichen Rollen beraubt.
Slys Vorfahre Rioichi, ein Ninja-Altmeister mit eigenem Sushi-Restaurant, sitzt im kaiserlichen Japan nicht nur ziemlich in der Tinte, sondern auch gefangen in einem überdimensionierten Vogelkäfig. Unsere erste Aufgabe ist es dann auch gleich, den Ninja-Waschbären aus seiner misslichen Lage zu befreien und das besagte Sushi-Etablissement seinem ursprünglichen Besitzer zurückzuholen.